水下清淤是应该注意海流有一定的流向和流速，有的海域还多层流，在这种情况下，海流在不同的深度，有其各自的流向和流速，而且流向和流速随时间的变化而变化。在江、河中，同样也存在着水的流动。 水下清淤须派有经验的潜水员下潜，同时水面应安排有经验的潜水员担任应急救护潜水员。 水下清淤潜水员下潜和上升时必须紧握入水绳，必要时应使用钩。在水底时不得离开行动绳。尽量采用水面减压法，减压方案应选用延长方案。
水下清淤时需要开启底孔闸门发生的冲刷，这种冲刷只是在底孔前形成一个范围有限的冲刷漏斗。漏斗发展完毕后，冲刷也就终止漏斗发展的大小又与淤积物固结程度有关。末充分固结的新淤积物，易于冲刷，冲刷漏斗就较大。 工程机械作业，挖除淤积泥沙，保持有效库容或进水口不被阻塞，整机为干式下泵型，电机采用油室密封方式，水库大坝水下清淤内设有机械密封，能有效防止高压水和杂质进入电机内腔，除主叶轮外，还有搅拌叶轮，能将沉淀于水底的淤渣搅拌成湍流后抽取出来。叶轮和搅拌叶轮等过流部件采用高硬度的高鉻铸钢制造，耐磨、耐腐蚀、排污能力比较强，能通过较大的固体颗粒。
河道淤泥处理的化学固化技术因其较低的处置成本低，且处置过程无污染、资源化利用效率高、固化体稳定性好等优点，成为我国大力支持的河道淤泥处置技术。然而，由于河道淤泥含水率和有机质含量均较高，严重影响了固化效果和固化体的强度，开发高效绿色的新型固化材料，成为支撑河道淤泥无害化利用的关键。