在清淤环节要积极采用环保清淤方式,在环保、成本方面进行综合考虑,把多种清淤方式相结合。水力冲淤使得淤泥中的污染物扩散,所以要尽量的避免或者当河淤泥污染较轻的时候采用。机械清淤中的挖泥船挖泥清淤不但没有把淤泥中污染负荷的浮泥去除,反倒在清淤中搅动原本已沉积下来的污染物,使得污染扩散，所以要根据实际在淤泥污染负荷较低的河道采用。 人工冲淤也应要充分的考虑河道结构的现状及排泥条件。要大力推广生态清淤，河道清淤公司在底泥污染负荷很大的时候，先进行生态清淤降低污染负荷使至安全范围，然后进行水力的清淤或者机械式的清淤。
池塘由于水产养殖动物的排泄物、遗体、残饵和施肥的不断积累，以及地表冲积物等不断沉积，沉积有机物经微生物发酵分解，形成大量腐植质，与池底表面浸润土壤混合在一起，在池底形成一定厚度的淤泥。淤泥过会造成危害： 导致池水缺氧危害养殖动物 淤泥中含有大量的有机物，有机物经细菌作用，氧化分解，消耗大量氧，往往使池塘下层水中本来不多的氧消耗殆尽，造成缺氧状态。养殖鱼类在溶氧3毫克/升以下时，就会抑制鱼的生长，溶氧低于1.5毫克/升时，就会造成养殖鱼类的泛塘死亡。
河道淤泥处理的化学固化技术因其较低的处置成本低，且处置过程无污染、资源化利用效率高、固化体稳定性好等优点，成为我国大力支持的河道淤泥处置技术。然而，由于河道淤泥含水率和有机质含量均较高，严重影响了固化效果和固化体的强度，开发高效绿色的新型固化材料，成为支撑河道淤泥无害化利用的关键。