清理沉淀池中的污泥和沉淀物，可以避免污泥过多，影响沉淀池的正常工作。沉淀池的平面为矩形，入口位于池长的一端。通常，使用浸没式入口孔。水从进水通道通过均匀分布的进水孔流入水箱，进水孔后设置挡板，使水流在整个水箱宽度的横截面上均匀分布。沉淀池的出口位于池长的另一端，常采用溢流堰来保证沉淀后的澄清水能沿池宽均匀地流入出水渠。堰前有浮渣槽和挡板，拦截水面浮渣。
一部分水流是水池的主体。水池的宽度和深度应保证水沿水池横截面均匀分布，并按设计流量缓慢平稳流动。沉淀池清理时水池长宽比一般不小于4，水池有效水深一般不超过3m。污泥斗用于堆积沉淀下来的污泥，多位于池前池底以下。桶底有排泥管，定时排泥。
清理沉淀池为避免短流，一是在设计上尽量采取一些措施(如采用合适的进水配水装置消除进水射流，使水流均匀分布在沉淀池断面上，减少紊流，防止污泥区附近流速过大，采用指状出水槽延长出水堰长度；将沉淀池加盖或设置隔墙，减少风和光对池水的影响；高浓度水经过预沉淀，以减少因进水中悬浮固体浓度过高等原因造成的异重流。);二是加强运营管理。沉淀池投入运行前，应严格检查堰体是否平直。如发现问题，应及时修复。
运行时，浮渣可能会堵塞部分溢流堰，造成整个出流堰单位长度的溢流不均匀，造成吸水。操作人员应及时清理堰上的浮渣；塑料制成的锯齿形三角堰可能因时间而变形，管理人员应及时修理或更换，以保证均匀出流，减少短流。通过采取上述措施，可以将沉淀池的短流现象减少到较低限度。