制冷系统作为冷库制冷性能的一个重要因素，在运行过程中应特别注意，它关系到冷库的整体制冷性能和能耗指标。
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1.制冷系统完成后，保持压力至少48小时，保证冷库的制冷系统100无泄漏，这样会省去很多麻烦。
2.应使用高纯度的制冷剂。高纯度制冷剂的蒸发温度比普通制冷平均低2-3度。使用品牌制冷剂一般是可行的。
3.铜管焊接时，及时清理系统内的氧化物，必要时用氮气冲洗，否则氧化物会进入压缩机和油中，造成局部堵塞。
4.焊接时应做好防火工作。焊接前要准备好灭火器和自来水，防火意识要高，否则后果不堪设想，不要急着后悔。
5.电线应通过PVC套管与管道隔开，以保护电线的绝缘、防鼠害和人身安全。
6.保温要用2cm厚的保温棉包裹，以保证制冷剂在室内外连接系统中运行时的冷却，造成部分冷能的损失和电能的损失。