玻璃钢化粪池通常由三个相连的水池组成，中间通过导流管相连。由于寄生虫卵比重高于普通混合液，主要采用厌氧发酵、中层分流、易沉淀的原理。经过池内30多天的发酵分解，中层粪污从一池依次流向三池，达到沉淀或杀灭粪污中寄生虫卵和肠道致病菌的目的。第三个池子里的粪肥变成了优.质肥料。
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新鲜粪便从粪便入口进入di一池，池中的粪便开始发酵分解。由于比重不同，粪便可自然分为三层，上层为糊状粪便皮，下层为块状或颗粒状粪便渣，中间层为相对清澈的粪便液。上层粪皮和下层粪渣含有多的细菌和寄生虫卵，而中间层含有少的卵。初步发酵的中间粪液通过导流管进入第二池，而大部分未充分发酵的粪皮和粪渣留在di一池进一步发酵。流入第二池的粪液进一步发酵分解，虫卵继续下沉，病原体逐渐死亡，粪液进一步无害化，产生的粪皮和粪渣较di一池明显减少。第三人的排泄物一般都是腐烂的，其中病菌和寄生虫卵已经基本被杀死。第三池的作用主要是储存基本无害的粪便。