混合氨基酸一般在树脂上分离纯氨基酸组分，其分离原理是基于树脂对不同氨基酸的选择性。选择性大小的顺序为：碱性氨基酸＞中性氨基酸＞酸性氨基酸。当解吸时，氨基酸流出顺序正好相反，酸性氨基酸.先流出树脂柱。决定氨基酸流出顺序的另外一个因素是氨基酸侧链的疏水性。
料液中的阳离子含量：由于离子交换树脂催化剂是一种强酸性的阳离子交换剂，它对所有常见的一些阳离子（如钙、镁、钠、钾、铁等）都有较好的选择性，因此，当料液中含有这些离子或人为地带入这些离子时，会迅速的被催化剂中H+所置换，从而使树脂的活性降低。这是导致催化剂失活的.常见和.主要的原因。一般可用保护净化床去除。
大孔树脂内部的孔隙又多又大，表面积很大，活性中心多，离子扩散速度快，离子交换速度也快很多，约比凝胶型树脂快约十倍。使用时的作用快、效率高，所需处理时间缩短。大孔树脂还有多种优点：耐溶胀，不易碎裂，耐氧化，耐磨损，耐热及耐温度变化，以及对有机大分子物质较易吸附和交换，因而抗污染力强，并较容易再生。