基本建设工程竣工财务决算审核程序具有三个基本特征：属于财政部门审查性质要体现财政审查的要求：审核实施与审核处理、审核报告三者紧密结合：委托方式具有特殊性。凡是政府投资或是国有资产形成的基本建设工程项目的竣工财务决算审核，统一由财政部门安排审核任务，指定一家编制（或审核）单位实施，然后办理委托手续。这是因为财政部门是政府投资和国有资产形成的基本建设工程的财务主管单位，它代表政府行使财政财务监管的职能，是投资性质所决定的。
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建设单位根据财政部门指定且具有审查资格的编制（或审核）单位，与之签订“业务约定书”明确双方的责任和工作要求，商定审核费用。调查了解工程项目的基本情况：工程进度、项目管理、财务收支及帐务处理等，摸清被审核单位的条件是否已经具备；分析情况，拟订审核计划，明确审核目标、实施的方法、步骤、人员分工、审核应掌握的重点问题，以及时间安排等；综合性资料审查。对项目建议书、可行性研究报告、扩初设计、批准总投资概算、招投标方式、施工、监理、开工、竣工及工程验收、设施试运行等相关资料进行符合性审查，查明工程项目履行基本建设程序是否规范、合理，存在什么问题。
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