关于中药灵芝到底是从什么时候开始为人类所用这一问题，科学界一直有所争议，就是因为只有文字和图像记录而缺乏“实物”证明。如今，通过本草考古终于有了“物证”。
黄璐琦团队从浙江3个新石器时期遗址中发现了5份疑似史前灵芝样本，经过考古分析，认为约6800年前，先民们已经开始采集并利用灵芝，从而将灵芝使用的历史从原来认为的上古神农时期向前推进了约2000年。
本草考古还可以对古代文献中记载的药物去伪存真、正本清源。如对民间认为很神秘且富有药用价值的“太岁”，黄璐琦带领团队，通过本草考古研究，并利用扫描电子显微镜、质谱等现代技术，对古今“太岁”进行了探索分析。
研究表明，古籍中记载的“太岁”是一种具有肉样特征的生命体。而当前市面上流通的“太岁”疑似物，出土地址难以确定，且形状差异较大。对比古籍中的描述，难以发现其共同特征。而且，当前收集的市售“太岁”疑似物主要组成成分为聚乙烯醇，并未发现有细胞存在。因此大致判断古代“太岁”与现代“太岁”疑似物不是同一物。