水和沉积物中含有大量的钙离子，碱度较高的池塘不宜施用生石灰，因为如果再次施用生石灰，磷酸盐沉淀越固定越完整，会降低水中有效磷的浓度，造成水体缺磷，影响甚至限制水生植物的生长。藻类丰富、pH值高的水，生石灰往往会引起碱中毒或大量藻类死亡，导致水质恶化、鱼蟹虾死亡等。需要注意的是，蓝藻爆发的水体不宜使用生石灰。蓝藻爆发水体的pH值偏高(碱性)，因为生石灰的应用会促使蓝藻疯狂生长。使用生石灰后，水中的磷酸盐沉淀越多越固定，越完全会降低水中有效磷的浓度，造成水体缺磷，影响甚至限制水生(浮)植物的生长，可能造成养鱼产量低。当老化的水和水体老化(发臭)时，水中往往会有大量的氨氮物质。当生石灰使用后pH值升高时，会引起分子态氮迅速增加，有害性可能是原来的几百倍，容易导致鱼类氨中du。臭水往往含有大量的氨氮。使用生石灰后，pH值迅速上升，会导致分子态氮迅速上升，毒性是原来的几百倍，引起氨中du。
带水清整 对于排水不方便的场所或者为了赶时间，可采用带水清整的方法。这种清整消毒措施速度快，效果好。缺点是石灰用量较多。在小龙虾苗种投放前15天，每亩水面水深50厘米时，用生石灰150千克溶于水中后，将生石灰放入大木盆、小木船、塑料桶等容器中化开成石灰浆，操作人员穿防水裤下水，将石灰浆全沟均匀泼洒。用带水法虽然工作量大一点，但它的效果很好，可以把石灰水直接灌进池埂边的鼠洞、蛇洞、泥鳅和鳝洞里，能彻底地杀死病害。余毒就是水体中是否还有毒性，这在水产养殖中是经常应用的一项小技巧。的方法是在消毒后的池子里放一只小网箱，在预计毒性已经消失的时间，向小网箱中放入so只虾种或虾苗，如果在1天(24小时)内，网箱里的苗种既没有死亡也没有任何其他的不适反应，就说明生石灰的毒性已经全部消失，这时就可以大量放养苗种了。如果24小时内仍然有的苗种死亡，那就说明毒性还没有完全消失，这时可以再次换水1/3 - 1/2，然后过1-2天再次，直到完全安全后才能放养苗种。后文的药剂消毒性能的方法是一样的。
巧用生石灰 对于水产养殖者来说，生石灰是个好东西，来源广、效果好，而且功能也很强大，我们在养殖时一定要好好利用生石灰。可用作水质调节剂。如果小龙虾养殖的稻田 水质易呈酸性、老化时，可用浓度为15 - 20毫克/升的生石灰液全池泼洒，能够调节水质，改善水体养殖环境。另外，定期在养虾的稻田里泼洒生石灰，可有效增加水体的钙含量，有利于小龙虾壳质的形成，促进蜕壳的顺利进行。可用作防霉剂。部分用于水产养殖的饲料，特别是用秸秆类制作的饲料，存放一定时间会发生霉变，若在饲料中加入一定量的生石灰，使其处于碱性条件下，可抑制和杀死微生物，从而起到一定的防霉保鲜作用。可用作稻田涵洞的填料剂。在稻田加高加固田埂中埋入注水管道、排水管道时，用生石灰作为填料堵塞管道周围的缝隙，既可以填充缝隙，又能防止黄鳝、蛇、鼠等顺着管道打洞，效果较好。可用作消毒剂。
