水和沉积物中含有大量的钙离子，碱度较高的池塘不宜施用生石灰，因为如果再次施用生石灰，磷酸盐沉淀越固定越完整，会降低水中有效磷的浓度，造成水体缺磷，影响甚至限制水生植物的生长。藻类丰富、pH值高的水，生石灰往往会引起碱中毒或大量藻类死亡，导致水质恶化、鱼蟹虾死亡等。需要注意的是，蓝藻爆发的水体不宜使用生石灰。蓝藻爆发水体的pH值偏高(碱性)，因为生石灰的应用会促使蓝藻疯狂生长。使用生石灰后，水中的磷酸盐沉淀越多越固定，越完全会降低水中有效磷的浓度，造成水体缺磷，影响甚至限制水生(浮)植物的生长，可能造成养鱼产量低。当老化的水和水体老化(发臭)时，水中往往会有大量的氨氮物质。当生石灰使用后pH值升高时，会引起分子态氮迅速增加，有害性可能是原来的几百倍，容易导致鱼类氨中du。臭水往往含有大量的氨氮。使用生石灰后，pH值迅速上升，会导致分子态氮迅速上升，毒性是原来的几百倍，引起氨中du。
生石灰清塘的优点很多：灭害作用。用生石灰清整时，通过与底泥的混合，能迅速杀死隐藏在底泥中的泥鳅、黄鳝、乌鳢等各种杂害鱼，水螅、水鳖虫等水生昆虫和虫卵，青苔、绿藻等一些水生植物，鱼类寄生虫、病原菌及其孢子和老鼠、水蛇、青蛙等敌害，减少疾病的发生和传染，改善小龙虾栖息的生态环境。改良水质。由于生石灰能放出强碱性的物质，因此泼洒后水的碱性就会明显增强。这种碱性能通过絮凝作用使水中悬浮状的有机质快速沉淀，对于混浊的田水能适当起到澄清的作用，非常有利于浮游生物的繁殖，那些浮游生物又是小龙虾的天然饵料之一，因此有利于促进小龙虾的生长。改良土质和肥水。生石灰遇水作用产生氢氧化钙，氢氧化钙继续吸收水生动物呼吸作用放出的二氧化碳生成碳酸钙沉人池底。这一方面可以有效地降低水体中二氧化碳的含量，另一方面碳酸钙能起到疏松土层的作用，改善底泥的通气条件，同时能加速细菌分解有机质的作用，并能快速释放出长期被淤泥吸附的氮、磷、钾等营养盐类，从而增加水的肥度，可让池水变肥，间接起到施肥的作用，促进小龙虾天然饵料的繁育，当然也就促进小龙虾的生长。
巧用生石灰 对于水产养殖者来说，生石灰是个好东西，来源广、效果好，而且功能也很强大，我们在养殖时一定要好好利用生石灰。可用作水质调节剂。如果小龙虾养殖的稻田 水质易呈酸性、老化时，可用浓度为15 - 20毫克/升的生石灰液全池泼洒，能够调节水质，改善水体养殖环境。另外，定期在养虾的稻田里泼洒生石灰，可有效增加水体的钙含量，有利于小龙虾壳质的形成，促进蜕壳的顺利进行。可用作防霉剂。部分用于水产养殖的饲料，特别是用秸秆类制作的饲料，存放一定时间会发生霉变，若在饲料中加入一定量的生石灰，使其处于碱性条件下，可抑制和杀死微生物，从而起到一定的防霉保鲜作用。可用作稻田涵洞的填料剂。在稻田加高加固田埂中埋入注水管道、排水管道时，用生石灰作为填料堵塞管道周围的缝隙，既可以填充缝隙，又能防止黄鳝、蛇、鼠等顺着管道打洞，效果较好。可用作消毒剂。
