大部分保护区都是封闭设施，成都环保有机肥在分解过程中释放的大量二氧化碳成为光合作用的重要原料来源。而且多施有机肥可以提高冬季大棚土壤的温度，对于冬季大棚生产暖菜非常珍贵。 长期施用有机肥可以提高植物的抗逆性和抗病性，保持蔬菜生产的高产稳产。
牛粪等农家肥可适当多施；饼和鸡鸭粪的施用量要控制。露地蔬菜有机肥施用量可略少，大棚蔬菜有机肥施用量应适当增加。成都蔬菜有机肥的用量，如营养土、猪牛粪等，备苗不应超过总量的三分之一。对于大多数蔬菜品种和中等肥力土地，每茬667平方米露地可施猪牛粪等有机肥2000 ~ 3000公斤，每茬蔬菜大棚可施有机肥4000 ~ 5000公斤。有条件时，植物有机肥的施用量应占总施肥量的50 ~ 60%。
冬春低温，发酵50-60天即可分解。牛粪等猪粪密闭发酵时，前期较高温度可达60 ~ 70℃。此外，肥料中的大多数病原微生物、害虫、虫卵、杂草种子等会因密闭发酵造成的缺氧和大量有毒气体而被杀死。 如果有沼气池，可以把未消化的猪、牛、人畜粪便放进去，让它发酵产气，然后用沼渣、沼液给蔬菜施肥，生态环保。
