加重疾病、昆虫和杂草。 未分解的有机肥中有大量的病菌、害虫、虫卵和草籽。如不腐熟使用，会增加菜田病、虫、草基数，加重病、虫、草危害，推高防治难度。未压缩的有机肥是蛴螬、地老虎等的食物来源和合适的滋生地。菜地施用未腐败的有机肥会引来大量这类害虫，根苗、死苗、缺草、断垄的数量会增加40-70%。
有机肥的合理施用方法。 土壤测试和施肥。 肉眼很难准确判断蔬菜中的有机质含量。有条件的地方要科学测土，根据测土结果确定有机肥的施用量。如果菜园土壤有机质含量低于4%，应适量施用有机肥作为基肥，连续施用几年。对于土壤有机质含量高于5%的菜地，每年作为基肥施用的有机肥量可适当减少。
冬春低温，发酵50-60天即可分解。牛粪等猪粪密闭发酵时，前期较高温度可达60 ~ 70℃。此外，肥料中的大多数病原微生物、害虫、虫卵、杂草种子等会因密闭发酵造成的缺氧和大量有毒气体而被杀死。 如果有沼气池，可以把未消化的猪、牛、人畜粪便放进去，让它发酵产气，然后用沼渣、沼液给蔬菜施肥，生态环保。
