菜园有机质的多少可以在一定程度上反映土壤肥力；有机质含量高的土壤肥力较高，反之则较低。通常每公斤菜园土有机质含量应不低于20 ~ 30克，高产菜园土每公斤有机质含量应大于50克。红(黄)粘土、水稻土、沙地、山坡等，土壤有机质往往不足或严重缺乏，种植蔬菜时需要多施有机肥。
应用量要合适。 西藏有机肥的施用量不是越多越好，要根据情况适当施用。有机质不足或缺乏的菜地、高产品种、果实采收的蔬菜和低温季节可适当施用有机肥。有机质含量高的菜地、产量低的品种、生长期短的蔬菜、气温高的季节、叶菜类蔬菜，有机肥的施用量可略减。
冬春低温，发酵50-60天即可分解。牛粪等猪粪密闭发酵时，前期较高温度可达60 ~ 70℃。此外，肥料中的大多数病原微生物、害虫、虫卵、杂草种子等会因密闭发酵造成的缺氧和大量有毒气体而被杀死。 如果有沼气池，可以把未消化的猪、牛、人畜粪便放进去，让它发酵产气，然后用沼渣、沼液给蔬菜施肥，生态环保。
