有机肥施用不当的主要危害。 影响植物的生长和发育。 土壤中缺少有机肥或有机肥施用量不足，蔬菜植株生长缓慢、身材矮小、生长弱或不生长，形成老弱苗，开花少、结果少、花果多、产量低、品质差、后期过早衰退等。缺乏有机质的菜地，幼苗发根少，根弱而短，根尖发黄但不会腐烂。 有机肥施多了，严重的菜苗会因烧根而枯萎死亡，轻者长势过旺，根多，茎粗，叶大，株间遮荫过多，花多果少，果实成熟延迟，病虫害加重，植株倒伏。
用绵阳有机肥作追肥，建议是分解水、人畜粪便、沼液，其他有机肥次之。施用有机肥后，微生物需要经过一定的时间扭曲，转化为小分子物质，才能被植物根系吸收利用。所以，有机肥不应该施在接近成熟的蔬菜上(如果施了，蔬菜不一定能吸收利用)。
有机肥的简易分解方法。 猪牛粪等有机肥不宜堆在室外自然发酵，这样发酵缓慢不彻底，养分损失大。有机肥要密闭堆放发酵，保障分解的速度和质量。发酵腐熟有机肥时，根据发酵有机肥的需要量，在田间或距离居民区500米以上的地方挖一个大小和深度合适的土坑，坑底和四周铺上厚厚的塑料薄膜，浇上猪牛粪等有机肥并掺入1% ~ 2%生石灰粉或1%尿素，将坑口填平或略高于坑口， 用厚厚的塑料薄膜覆盖堆肥并在周围压实薄膜，猪粪牛粪等在夏季和秋季高温下处理30天。
