施用未分解的有机肥会污染土壤和周围环境，增加死苗、死株数量，加重病虫草害。乐山有机肥施用不足，导致蔬菜生长发育不良，早衰，产量低，品质差，效益差。为防止蔬菜有机肥施用不当，应采取综合措施，科学施用有机肥，确保蔬菜高产、优质、高效。
这种肥料一旦施入菜地，会促进和加重土传病虫草害的发生。种植番茄、辣椒、茄子时，青枯病、根腐病、猝倒病的发病率比腐熟有机肥增加30 ~ 40%。蛴螬，蛴螬等。喜欢生活在不分解的有机肥里。如果给蔬菜施用有机肥，这些土壤害虫就会频繁发生，反复发生。
冬春低温，发酵50-60天即可分解。牛粪等猪粪密闭发酵时，前期较高温度可达60 ~ 70℃。此外，肥料中的大多数病原微生物、害虫、虫卵、杂草种子等会因密闭发酵造成的缺氧和大量有毒气体而被杀死。 如果有沼气池，可以把未消化的猪、牛、人畜粪便放进去，让它发酵产气，然后用沼渣、沼液给蔬菜施肥，生态环保。
