这种肥料一旦施入菜地，会促进和加重土传病虫草害的发生。种植番茄、辣椒、茄子时，青枯病、根腐病、猝倒病的发病率比腐熟有机肥增加30 ~ 40%。蛴螬，蛴螬等。喜欢生活在不分解的有机肥里。如果给蔬菜施用有机肥，这些土壤害虫就会频繁发生，反复发生。
用绵阳有机肥作追肥，建议是分解水、人畜粪便、沼液，其他有机肥次之。施用有机肥后，微生物需要经过一定的时间扭曲，转化为小分子物质，才能被植物根系吸收利用。所以，有机肥不应该施在接近成熟的蔬菜上(如果施了，蔬菜不一定能吸收利用)。
有机肥的简易分解方法。 猪牛粪等有机肥不宜堆在室外自然发酵，这样发酵缓慢不彻底，养分损失大。有机肥要密闭堆放发酵，保障分解的速度和质量。发酵腐熟有机肥时，根据发酵有机肥的需要量，在田间或距离居民区500米以上的地方挖一个大小和深度合适的土坑，坑底和四周铺上厚厚的塑料薄膜，浇上猪牛粪等有机肥并掺入1% ~ 2%生石灰粉或1%尿素，将坑口填平或略高于坑口， 用厚厚的塑料薄膜覆盖堆肥并在周围压实薄膜，猪粪牛粪等在夏季和秋季高温下处理30天。
