水和沉积物中含有大量的钙离子，碱度较高的池塘不宜施用生石灰，因为如果再次施用生石灰，磷酸盐沉淀越固定越完整，会降低水中有效磷的浓度，造成水体缺磷，影响甚至限制水生植物的生长。藻类丰富、pH值高的水，生石灰往往会引起碱中毒或大量藻类死亡，导致水质恶化、鱼蟹虾死亡等。
需要注意的是，蓝藻爆发的水体不宜使用生石灰。蓝藻爆发水体的pH值偏高(碱性)，因为生石灰的应用会促使蓝藻疯狂生长。使用生石灰后，水中的磷酸盐沉淀越多越固定，越完全会降低水中有效磷的浓度，造成水体缺磷，影响甚至限制水生(浮)植物的生长，可能造成养鱼产量低。
