近年来有研究表明，单独施用有机肥并不完全适合各种药用植物。比如在人参、西洋参上涂抹人粪，很容易抑制须根的发育。黄芪施用有机肥的效果不如施用专用复合肥。 在施用有机肥的基础上，化肥的施用原则是:慎用化学氮肥，重视化学磷钾肥的配合，巧施中微量元素肥。比如以花、果为药用药材的中草药植物，要注意磷钾肥的施用；以根和鳞茎为药材的中草药植物，应特别注意钾肥的施用。
追肥:追肥时中药材根系已初步形成。如果用机械追肥，要尽量减少伤根，施肥不要太深，边距要合适。一般情况下，适宜窄行栽培的中药材如薏苡、车前子等的追肥深度应为6-8cm，侧距为10-15cm。适宜广栽的中药材，如金银花、栀子等，宜深8-12厘米，侧10-15厘米。 基肥:基肥施用深度15-20cm或更深。可以先将肥料撒在地表，然后翻耕入土中，也可以在翻耕的同时将肥料施入犁沟中。
提高中药材产量的施肥方法： 种植中药材时，要想增产就要及时施肥。农民在施肥时，应以有机肥为主，化肥为辅，同时均衡施用氮、磷、钾等养分，帮助中药材更好地生长，尤其是在高温多雨的夏季。因为肥料分解快，容易流失，农民要减少养分流失不止一次。 面对花果入药的中药材，要注意磷钾肥的施用；面对根茎类中药材追肥，适当施用钾肥，在中药材根茎膨大期及时追肥，可促进高产优质。中药材施肥总的原则是苗期施氮肥，中后期施磷钾肥。宿根和地下茎药材，整地时施足有机肥。
