另外，水泥打谷场在高温下不会及时翻土，会严重影响水稻种子的发芽率。机械损伤有些品种的种子很薄或者饱满后会有裂籽。在收获和选择性加工过程中，这些品种很容易脱壳成为糙米。由于去除了保护层，这些糙米通常很难发芽，即使能发芽也很难成苗，容易烂在稻田里。此外，如果病虫害严重，防治措施不及时，功能叶或运输通道受损，相应功能降低或丧失，这将导致种胚发育功能缺失。即使能发芽，也是脆弱的，难以成苗。
未成熟的种子不仅发芽率低，而且芽弱，幼苗发育不良。种子之间的成熟度差异越大，发芽越不规则。世界上生产的水稻种子一般在稻穗蜡熟期收获，使种子具有完全的发芽能力。授粉7天后，水稻种子仍处于乳熟期，胚胎已基本发育。也有发芽能力，但发芽慢，发芽率极低；授粉14天后，胚乳的完全成熟接近完成。有了养分，种子的发芽率大大提高，籼稻的种子基本没有休眠期。在种子成熟的过程中，如天气恶劣、雨水过多或倒伏浸泡等，穗上的种子往往会发芽，影响水稻或种子的质量。
影响水稻种子发芽的外部因素:水稻种子除了种子本身的内部因素外，休眠状态向发芽状态转化还需要三个重要的外部条件，即水分、氧气和温度。只有科学地协调种子与水、氧、温的动态平衡，才能很好地浸种催芽。水:水稻种子吸水是发芽的第一步，即浸种是促进种子吸水的一个技术措施；干燥后的种子处于休眠状态，只有吸收足够的水分后，种子中的生理生化功能才能逐渐开始。种子吸水有三个作用:一是使种皮膨胀软化，有利于溶于水中的氧气随水渗入水稻种子细胞，增强胚和胚乳的呼吸作用。
