流行病学的发展加速现代消毒观念的形成。流行病学是一门研究传染病的传染来源、传播途径及其预防的科学。1949年，苏联科学家格罗马舍夫斯基在其《流行病学总论》中，明确提出切断传播途径是预防和消灭传染病的三大要素之一。19世纪初，随着工业的发展，自来水厂兴起，早期的自来水只是把从江河中抽来的水送至工厂，供工业生产用的工业自来水，并不实施消毒。人们饮用工业自来水曾引起过无数次的霍乱、伤寒、痢疾等肠道传染病的水型爆发或流行。例如 ** 2年汉堡霍乱水型爆发，仅登记的典型病人就达到17000余例。对自来水实施消毒处理后，在供应安全用水的城市，霍乱不再发生。饮水消毒在预防和消灭肠道传染病中起了巨大作用。作为切断传播途径重要措施的消毒，在其他方面还有食物消毒、空气消毒、日常用品消毒、医疗器械消毒、疫源地消毒等。
回到化学消毒剂的发展中，在碘伏被研制的同时，苯酚（石炭酸）通过实验手段合成，1860年，库兴·迈斯特将其用作消毒剂。后来，苯酚被作为一些杀菌剂、防腐剂的合成原料而被广泛使用。随着应用的进一步扩大，它的毒性也被人们进一步认识到，2017年10月27日，苯酚被列入世界卫生组织国际癌症研究机构公布的致癌物清单。 1904年，维尔金指出，甲、乙、丙、丁、戊醇有杀菌作用。1926年，蒂里等观察到，醇类的杀菌作用从甲醇到辛醇逐渐增强。与此同时，更多类型的农业杀菌药剂也相继出现。如1934年，二硫代氨基甲酸衍生物（福美类农药）被研制出。1942年，种子处理剂四氯苯醌，2，3-二氯萘醌问世。1943年，乙撑双二硫代氨基甲酸衍生物（代森类农药）。1952年，含有三氯甲硫基（—SCCI3）的杀菌剂如克菌丹问世，随后又出现了灭菌丹。
20世纪30年代，甲醛的应用在化学消毒发展史上建立了一个里程碑，因此甲醛被誉为第一代化学灭菌剂。醇类也是发现比较早的一类化学消毒剂，如今我们在医院中与生活中常用的酒精消毒，主要成分就是乙醇。1949年，美国菲利普、史密斯等人研究了多种化合物的杀菌作用，发现了环氧乙烷，并且研究了其灭菌条件及影响因素。环氧乙烷被誉为第二代化学灭菌剂。1954年，戴维斯研制成氯己定（洗必泰），它虽然是一种低效消毒剂，但其消毒效果已被公认。 1962年，美国的派普筛选了醛类化合物，发现了戊二醛一经碱化便有良好的杀芽孢作用。此后，一些学者研究了戊二醛的应用条件，杀菌作用及影响因素。这种消毒剂具有广谱、高效、气味小、低毒、对金属腐蚀小的优点。20世纪70年代以来广泛应用于医学灭菌，被称为冷灭菌剂，并被称为第三代化学灭菌剂。
