流行病学的发展加速现代消毒观念的形成。流行病学是一门研究传染病的传染来源、传播途径及其预防的科学。1949年，苏联科学家格罗马舍夫斯基在其《流行病学总论》中，明确提出切断传播途径是预防和消灭传染病的三大要素之一。19世纪初，随着工业的发展，自来水厂兴起，早期的自来水只是把从江河中抽来的水送至工厂，供工业生产用的工业自来水，并不实施消毒。人们饮用工业自来水曾引起过无数次的霍乱、伤寒、痢疾等肠道传染病的水型爆发或流行。例如 ** 2年汉堡霍乱水型爆发，仅登记的典型病人就达到17000余例。对自来水实施消毒处理后，在供应安全用水的城市，霍乱不再发生。饮水消毒在预防和消灭肠道传染病中起了巨大作用。作为切断传播途径重要措施的消毒，在其他方面还有食物消毒、空气消毒、日常用品消毒、医疗器械消毒、疫源地消毒等。
早在公元前1200年，希腊迈锡尼文明时代，就有采用燃烧硫磺熏蒸净化空气的习惯。此后一段时间，消毒剂的进展更多体现在农业方面。同时，由于植物病原菌种类多样，因此需要消毒水平更高的药剂，这类试剂被称为灭菌剂。如在1705年，升汞（HgCl2）开始用于木材防腐和种子消毒；1761年，舒尔特斯首次将硫酸铜用于防治小麦黑穗病；1802年，威廉·福赛斯首次制备出石灰-硫磺合剂，并应用于防治果树白粉病。 1811年，英国化学家汉弗莱·戴维发现了二氧化氯，他把这种黄绿色的气体称为优氯。戴维用硫酸将氯酸钾酸化，制造了这种气体。后来，米隆于1843年用盐酸将氯酸钾酸化获得一种黄绿色气体，随即将这一气体吸收在碱性溶液中，获得亚氯酸盐（以及次氯酸盐）。然而米隆的气体并没有作为含有二氧化氯而被识别，直到1881年，卡扎罗利·舍恩拉科才鉴别出这种气体是二氧化氯和氯气的混合物。1940年，泰勒及其同事报道了一种具有强烈漂白性质的新型化学商品——亚氯酸钠。如今，二氧化氯作为消毒剂、漂白剂、脱味机、清洁剂在其相关领域中正得到非常普遍的应用。
20世纪30年代，甲醛的应用在化学消毒发展史上建立了一个里程碑，因此甲醛被誉为第一代化学灭菌剂。醇类也是发现比较早的一类化学消毒剂，如今我们在医院中与生活中常用的酒精消毒，主要成分就是乙醇。1949年，美国菲利普、史密斯等人研究了多种化合物的杀菌作用，发现了环氧乙烷，并且研究了其灭菌条件及影响因素。环氧乙烷被誉为第二代化学灭菌剂。1954年，戴维斯研制成氯己定（洗必泰），它虽然是一种低效消毒剂，但其消毒效果已被公认。 1962年，美国的派普筛选了醛类化合物，发现了戊二醛一经碱化便有良好的杀芽孢作用。此后，一些学者研究了戊二醛的应用条件，杀菌作用及影响因素。这种消毒剂具有广谱、高效、气味小、低毒、对金属腐蚀小的优点。20世纪70年代以来广泛应用于医学灭菌，被称为冷灭菌剂，并被称为第三代化学灭菌剂。
