因此，生物有机肥zui好单独施用，而施入太深会影响生物肥活性，生物有机肥穴施更重要，特别是柑橘，可快速促进活跃土壤，提高土壤透气性，促进根系快速生长发育；还可以缓解因有机肥不腐熟、化肥没分解形成养分的空缺，及时供给根系养分，给根系一个良好的生长环境，促进团根早形成，虽然有不同的叫法,但它都是遵循土壤微生态学和作物营养学的原理,通过固态发酵的方法生产出来的一种给作物提供营养成分、促进作物生长的一种复合肥。
生物有机肥是以固氮菌、解磷菌、解钾菌、分解菌等有益微生物，加人自然界中的有机物为基质和载体，经特殊工艺加工而成的有机肥料，生物有机肥是以畜禽、农作物秸秆、生活垃圾等有机废弃物为基质，经过无害化、腐熟处理而制成的一类兼具有机肥和微生物功效的肥料，含有氮、磷、钾、微量元素等无机成分，以及有利于提高土壤肥力、促进作物吸收和元素释放等特定功能的微生物，合理施用生物有机肥不仅能够减少畜禽粪污等污染物的排放，以及农作物秸秆等农业废弃物的随意焚烧和堆放，降低化肥和农药使用量，还可以提高农产品质量，促进有机食品生产，增加农民收入。
在生物有机肥中有机质的检测方法上，我国采用重铬酸钾氧化法测定有机质，主要原理是测其中的C含量，然后转化成有机质，但是其中可能会存在一些漏洞，比如用无机碳冒充有机碳，降低生物有机肥的效果，所以需要更新相关的标准，在生物有机肥生产上面，目前还处于相对原始的方法，生产工艺简单，科技含量较低，所以需要注重研究，尤其是在微生物技术上，一些企业夸大生物有机肥的作用，在某些指标上面有所隐藏，使得生物有机肥效果受限。
