随着生物有机肥产品的保存时间延长，有效活菌数会不断下降，把有效期标注太长都是不负责任的，将发酵腐熟的物料进行低温干燥，至含水量≤30%时，停止干燥，粉碎，粉剂产品经检验合格即可进行分装;生产颗粒产品需水分干燥至≤15%，经粉碎，配料、造粒等工序，检验合格后即可计量分装，开发新型肥料，减少能源消耗，是未来肥料发展的方向之一;生物有机肥的原材料相对单一和稳定，原材料价格波动较小，需求是影响市场行情的关键因素。
化肥的过量施用易造成肥料利用率低、生态环境恶化等一系列的问题，为提高化肥利用率、缓解环境压力，迫切需要研制一种新型有效安全的肥料代替部分化肥，效果是否高效？加少量水将生物有机肥调成团状，放在冰箱里冻成冰块，第二天拿出来溶化，反复三次，肥料中的菌种将会冻死或大幅度减少；包装是否规范？产品登记证：具有农业部微生物肥料登记证证号（注：省级部门无登记权），正确方法："微生物肥（登记年）临字（编号）号"或"微生物肥（登记年）准字（编号）号"。
在生物有机肥中有机质的检测方法上，我国采用重铬酸钾氧化法测定有机质，主要原理是测其中的C含量，然后转化成有机质，但是其中可能会存在一些漏洞，比如用无机碳冒充有机碳，降低生物有机肥的效果，所以需要更新相关的标准，在生物有机肥生产上面，目前还处于相对原始的方法，生产工艺简单，科技含量较低，所以需要注重研究，尤其是在微生物技术上，一些企业夸大生物有机肥的作用，在某些指标上面有所隐藏，使得生物有机肥效果受限。
