早在公元前1200年，希腊迈锡尼文明时代，就有采用燃烧硫磺熏蒸净化空气的习惯。此后一段时间，消毒剂的进展更多体现在农业方面。同时，由于植物病原菌种类多样，因此需要消毒水平更高的药剂，这类试剂被称为灭菌剂。如在1705年，升汞（HgCl2）开始用于木材防腐和种子消毒；1761年，舒尔特斯首次将硫酸铜用于防治小麦黑穗病；1802年，威廉·福赛斯首次制备出石灰-硫磺合剂，并应用于防治果树白粉病。
20世纪30年代，甲醛的应用在化学消毒发展史上建立了一个里程碑，因此甲醛被誉为第一代化学灭菌剂。醇类也是发现比较早的一类化学消毒剂，如今我们在医院中与生活中常用的酒精消毒，主要成分就是乙醇。1949年，美国菲利普、史密斯等人研究了多种化合物的杀菌作用，发现了环氧乙烷，并且研究了其灭菌条件及影响因素。环氧乙烷被誉为第二代化学灭菌剂。1954年，戴维斯研制成氯己定（洗必泰），它虽然是一种低效消毒剂，但其消毒效果已被公认。 1962年，美国的派普筛选了醛类化合物，发现了戊二醛一经碱化便有良好的杀芽孢作用。此后，一些学者研究了戊二醛的应用条件，杀菌作用及影响因素。这种消毒剂具有广谱、高效、气味小、低毒、对金属腐蚀小的优点。20世纪70年代以来广泛应用于医学灭菌，被称为冷灭菌剂，并被称为第三代化学灭菌剂。
除多代家用消毒剂外，酒精也常被老百姓用在家庭消毒中。一般而言，酒精的消毒杀菌效果和其浓度关系较大，医用酒精的浓度在75%，可吸收细菌中的水分，使细菌中的蛋白质脱水变性。若酒精浓度过低，虽可侵入细菌，但不能将其体内的蛋白质凝固，同样也不能将细菌杀死。95%的酒精常用来擦拭紫外线灯，浓度在40%-50%的酒精可预防褥疮，而浓度在25-50%的酒精可用于物理退热。虽然效果显著，但酒精也有需要注意的地方。首先是其易燃易挥发特性，近期全国各地都不乏因用酒精消毒又使用明火而引起火灾的案例，因此在使用中需额外小心。其次是酒精对皮肤的影响，长期使用酒精擦拭皮肤消毒，会导致皮肤干燥、粗糙，而如果将其多次用于皮肤娇嫩的幼儿，由于他们的代谢能力弱而皮肤较薄，可能会引起酒精中毒。最后，日常饮用的白酒浓度其实远远低于医用酒精浓度，消毒效果没有酒精好，只能作为退热的辅助用品，且不能过量使用。
