微生物学的发展为消毒学的形成提供了科学理论基础。19世纪下半叶，巴斯德等发现细菌，奠定了现代微生物学的基础。自此，医学界越来越多地寻求和描述细菌，短时间内便发现许多传染病的病原体和与疾病有联系的细菌。科赫在《创伤感染原因的研究》和《病原微生物研究》中，不仅阐述了各种细菌的形态和生物学特征，并介绍了灭菌方法。
回到化学消毒剂的发展中，在碘伏被研制的同时，苯酚（石炭酸）通过实验手段合成，1860年，库兴·迈斯特将其用作消毒剂。后来，苯酚被作为一些杀菌剂、防腐剂的合成原料而被广泛使用。随着应用的进一步扩大，它的毒性也被人们进一步认识到，2017年10月27日，苯酚被列入世界卫生组织国际癌症研究机构公布的致癌物清单。 1904年，维尔金指出，甲、乙、丙、丁、戊醇有杀菌作用。1926年，蒂里等观察到，醇类的杀菌作用从甲醇到辛醇逐渐增强。与此同时，更多类型的农业杀菌药剂也相继出现。如1934年，二硫代氨基甲酸衍生物（福美类农药）被研制出。1942年，种子处理剂四氯苯醌，2，3-二氯萘醌问世。1943年，乙撑双二硫代氨基甲酸衍生物（代森类农药）。1952年，含有三氯甲硫基（—SCCI3）的杀菌剂如克菌丹问世，随后又出现了灭菌丹。
除多代家用消毒剂外，酒精也常被老百姓用在家庭消毒中。一般而言，酒精的消毒杀菌效果和其浓度关系较大，医用酒精的浓度在75%，可吸收细菌中的水分，使细菌中的蛋白质脱水变性。若酒精浓度过低，虽可侵入细菌，但不能将其体内的蛋白质凝固，同样也不能将细菌杀死。95%的酒精常用来擦拭紫外线灯，浓度在40%-50%的酒精可预防褥疮，而浓度在25-50%的酒精可用于物理退热。虽然效果显著，但酒精也有需要注意的地方。首先是其易燃易挥发特性，近期全国各地都不乏因用酒精消毒又使用明火而引起火灾的案例，因此在使用中需额外小心。其次是酒精对皮肤的影响，长期使用酒精擦拭皮肤消毒，会导致皮肤干燥、粗糙，而如果将其多次用于皮肤娇嫩的幼儿，由于他们的代谢能力弱而皮肤较薄，可能会引起酒精中毒。最后，日常饮用的白酒浓度其实远远低于医用酒精浓度，消毒效果没有酒精好，只能作为退热的辅助用品，且不能过量使用。
