随着生物有机肥产品的保存时间延长，有效活菌数会不断下降，把有效期标注太长都是不负责任的，将发酵腐熟的物料进行低温干燥，至含水量≤30%时，停止干燥，粉碎，粉剂产品经检验合格即可进行分装;生产颗粒产品需水分干燥至≤15%，经粉碎，配料、造粒等工序，检验合格后即可计量分装，开发新型肥料，减少能源消耗，是未来肥料发展的方向之一;生物有机肥的原材料相对单一和稳定，原材料价格波动较小，需求是影响市场行情的关键因素。
物料是否均匀？产品含水量太高或太低均不利于菌种存活：抓一把肥料在阳光下观察，阴潮呈团、干燥呈灰都非正常产品，适合特殊功能菌种生长的"有机肥营养"由多种有机营养物质组成（如：菜粕、黄豆粉等发酵制成），在光线下能看到原料的痕迹，或者能闻到原料的特殊气味，生产生物有机肥zui主要原料包括城市生活垃圾、城市污泥、集约化禽畜、农作物秸秆，农产品加工副产品（苹果渣、菇渣），添加多功能发酵菌种剂，通过独特的连续池式好氧发酵技术生产的高效活性生物有机肥。
在生物有机肥中有机质的检测方法上，我国采用重铬酸钾氧化法测定有机质，主要原理是测其中的C含量，然后转化成有机质，但是其中可能会存在一些漏洞，比如用无机碳冒充有机碳，降低生物有机肥的效果，所以需要更新相关的标准，在生物有机肥生产上面，目前还处于相对原始的方法，生产工艺简单，科技含量较低，所以需要注重研究，尤其是在微生物技术上，一些企业夸大生物有机肥的作用，在某些指标上面有所隐藏，使得生物有机肥效果受限。
