污水处理菌种很多种，涉及的污水处理众多，出的污水也不是单一的河道污水等适用于生态环境破坏的水质，养殖场污水处理，河道修复处理，养殖尾水处理，河道水质优化，工厂废水处理等。
水质优化处理：通过滤水菌分段投入使用，改善了水质，有效降低了部分生活污水造成的水体富营养化的问题，分解多余的有机质和油脂等，令水质更澄明。
废水处理:废水处理中的的污水中有机物浓度和悬浮固体浓度高，工厂自带的预处理系统前期通过调节水量、水质；去除SS、悬浮物；削减部分污染负荷，为后续的微生物处理创造良好条件。乾界生物技术部针对此废水中COD严重超标的情况，将现场废水处理设备改造，针对性的配置了微生物产品结合沉淀池的活性污泥，将废水的COD降低到排放标准。
养殖场污水处理：养殖废水主要包括动物尿液、部分粪便和养殖栏冲洗水，水中富含氮、磷、有机物、高悬浮物，是一种高浓度有机废水。养殖场废水会污染地表水和地下水源，污染大气环境，并会引起传染病和寄生虫病的蔓延，传播人畜共患病，直接危害人体健康，所以对它的处理至关重要。
1、粪便和冲洗用水混合进入到干湿分离设备，固体部分另行处理，经过挤压减量后的污水进入到原水池中，气浮机将稍微大的浮游物质和固定分离出来，污水进入一级曝气池。原水池中的底泥杂质等定期清理抽出，固体分离物收集池中撒入除臭菌进行除臭处理，定期清理。
2、废水进入曝气池，加入微生物菌剂，在充足曝气的条件下，复合微生物大量繁殖，对污水中的有机物起到分解、絮凝作用。上层水进入到下一级曝气池，再次加入微生物菌剂进行分解，经过三次曝气处理后进入到沉淀池1，将絮凝分解后的悬浮物沉降于池底。每个曝气池的容量为70-100吨，可保证每天的处理水量。
3、一级沉淀池的污水经过处理已经较大改善，臭味消除，悬浮物大量降低，有机成份大幅度下降。沉淀池中的上清液流入到二级曝气系统，同样经过三次曝气和微生物菌的处理，再进入到二级沉淀。
4、二级沉淀的上层水到一个收集池，污水处理完成。处理后的水将达到农田灌溉标准可作为农业用水使用，或养殖场冲洗用的用水循环利用。
