用过有机肥，土壤会变得疏松、肥沃，提高土壤质量，促进土壤微生物繁殖，这些有益微生物，能分解土壤中的有机物，增加土壤的团粒结构，改善土壤组成，有机肥中的有益微生物还能抑制有害病菌的繁殖，这样就可以做到少打药，如果连续多年施用，可以有效抑制土壤有害生物，省工、省钱、无污染，同时，有机肥料中有动物消化道分泌的各种活性酶，以及微生物产生的各种酶，这些物质施到土壤后，可大大提高土壤的酶活性。
有机肥另外还包括饼肥(菜籽饼、棉籽饼、豆饼、芝麻饼、蓖麻饼、茶籽饼等)；堆肥；沤肥；厩肥；沼肥；绿肥等，土壤中的微量元素95%以不溶态形式存在，不能被植物吸收利用，而微生物代谢产物中含有大量的有机酸类物质，这些物质就像在冰块中加入的热水一样，很快就能把微量元素如钙、镁、硫、铜、锌、铁、硼、钼等植物必需的矿物元素溶解，变成可以被植物直接吸收利用的营养元素，大大增加了土壤的供肥能力。
有机肥广义定义，俗称农家肥，包括以各种动物、植物残体或代谢物组成，如人畜、秸秆、动物残体、屠宰场废弃物等，有机肥专指以各种动物废弃物(包括动物;动物加工废弃物)和植物残体(饼肥类;作物秸秆;落叶;枯枝;草炭等)，采用物理、化学、生物或三者兼有的处理技术，经过一定的加工工艺(包括但不限于堆制;高温;厌氧等)，消除其中的有害物质(病原菌、病虫卵害、杂草种籽等)达到无害化标准而形成的，符合相关标准(NY525-2012)及法规的一类肥料。
