生物有机肥也区别于生物菌肥，生物有机肥中主要利用有机养分、有机质，菌肥主要利用含有的菌种、菌株，施生物有机肥的作物主要表现为主茎生长健硕，叶绿量增加，光合效率提高，肥效强，庄稼不易拉秧，采摘期长，高产生物有机肥原理：提高结实率和籽实程度，增加中后期收获量，使作物增产百分之10以上，有机无机复混肥料由有机和无机肥料混合或化合制成，既含有一定比例的有机质，又含有较高的养分，这与我国当前科学施肥所提倡的“有机和无机相结合”的原则是相符的。
精制有机肥料，指经过工厂化生产，不含有特定肥料效应微生物的商品有机肥料，以提供有机质和少量养分为主，精制有机肥料作为一种有机质含量较高的肥料，是绿色农产品、有机农产品和无公害农产品生产的主要肥料品种，指经过工厂化生产，含有特定肥料效应微生物的商品有机肥料，除了含有较高的有机质外，还含改善肥料或土壤中养分释放能力的功能性微生物，首先，原料配方，好的配方既能保证有效菌数量，又能为农作物生长提供更多营养，所以，有机肥设备中的成型干燥系统就是让这些原料配方不会因生产加工而破坏、改变，从而保证产品质量效果。
就目前有机农业生产来说，首先对于城市垃圾和城市污泥，包括含有一些重金属类的工业化的未经高温或者无害化处理的作为原料的有机肥，我们应该排除在外，有机肥生产工艺主要有完全发酵和半发酵两种，主要看是否经过了高温灭菌过程，然后才能判断是否经过了无害化处理，粉状有机肥的检验方法是，直接把粉状有机肥放在一杯水里，如果是漂浮的，那么就是一个合格的有机肥，如果直接下沉，那么这个有机肥就可能有问题，因为有机质要比水轻。
