有机肥也是作为底肥被广泛应用，大量长期连续使用氮肥会造成土壤退化，主要表现在土壤酸化、钙镁淋溶量加大，土壤结构破坏，土壤中养分含量不平衡以及对生态环境的污染等方面，而施用有机肥可以减缓上述过程，菜地施用了没腐熟的有机肥，腐熟中的有机肥会产生大量的有机酸、氨气、硫化物和二氧化碳等，达到一定量时会致蔬菜枝、叶、花、果等中毒，引起落叶、落花、落果和枝茎萎凋等，严重的根系会因烧根而腐烂，引起植株凋萎或枯死。
猪牛粪等农家肥，可适当多施些；饼肥和鸡鸭粪等，应控制施用量，露地蔬菜有机肥施用量可稍少些，棚室蔬菜有机肥的用量应适当增加些，育苗配制的营养土，猪牛粪等有机肥的用量不可超过总量的三分之一，条件许可时，蔬菜有机肥的施用量应占总施肥量的50～60%，施用没腐熟的有机肥，大白菜多发生软腐，有机肥施用后，需微生物经一定时间分解并转化成小分子物质，方能被蔬菜根系吸收利用，所以，近成熟采收的蔬菜不要施用有机肥（施用了，蔬菜也不定能吸收利用到）。
已发生肥害的蔬菜，受害较轻的，通过采用以上方法，多可得到解救，肥害发生重的蔬菜，是不可逆的，不要解救，要全部拨除，过些天改种其它蔬菜，有机肥区别于化肥，有机肥的原材料主要来源于大自然，可谓是“取之于自然，用之于自然”，营养丰富；而化肥是通过化学制剂合成，可谓“无中生有”，养分单一，什么是有机肥，广义上讲：俗称农家肥，包括以各种动物、植物残体或代谢物为原材料组成，如人畜、秸秆、动物残体、屠宰场废弃物等。
