微生物肥料具有“四两拨千斤”的独特功能，既能活化土壤，提升肥效，又能保障农产品质量安全，是农业可持续发展不可缺失的投入品。同样，微生物肥料功能多样，能够充当分解者(秸秆分解、土壤有毒有害物质降解)、转化者(磷、钾、钙、镁等养分的有效形态转化)、生产者(生物固氮、产生各种促生物质)等。 据数据显示，与传统肥料相比，生物肥料通过调控土壤微生物区系能够让作物增产20%，可减少20%的化肥与农药。
土壤中的微量元素95%以不溶态形式存在，不能被植物吸收运用，而微生物代谢产物中含有许多的有机酸类物质，这些物质就像在冰块中加入的热水一样，很快就能把微量元素如钙、镁、硫、铜、锌、铁、硼、钼等植物必需的矿物元素溶解，变成能够被植物直接吸收运用的营养元素，大大添加了土壤的供肥才能。有机肥猜中的有机质添加了土壤中的有机质含量，使得土壤粘结度降低，砂性土壤保水保肥功能变强，从而土壤形成稳定的团粒结构，便能够发挥良好的肥力和谐供给才能。用过有机肥，土壤会变得疏松、肥美。
粪肥中含有丰富的有机质和作物所需要的各种营养元素，对增加作物产量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以来都被广泛应用于农业生产中。古时候就流传着“粪多则肥多，肥多则田沃，田沃则谷多”的说法。近年来，随着粪肥不合理的施用现象增多，各种问题也随之而来。
