有机肥料含有多种营养, 有丰富的有机物, 能够加强微生物的活动, 肥效耐久, 不仅能够陆续供给作物营养的需要, 还能够改进土壤的水、热和通气的条件, 增进土壤熟化。有机肥料开释出的许多CO2能够供植物营养之用；有机肥猜中的腐殖质,则有刺激植物成长和吸收矿质营养的功效。
有机肥料能够使土壤中的微生物许多繁衍，特别是许多有利的微生物，如固氮菌、氨化菌、纤维素分化菌等。.这些有利微生物，能分化土壤中的有机物，添加土壤的团粒结构，改进土壤组成。微生物在土壤中的繁衍速度非常快，他们就像一张看不见的大网，错综复杂。
粪肥中含有丰富的有机质和作物所需要的各种营养元素，对增加作物产量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以来都被广泛应用于农业生产中。古时候就流传着“粪多则肥多，肥多则田沃，田沃则谷多”的说法。近年来，随着粪肥不合理的施用现象增多，各种问题也随之而来。
