大量施用化肥、农药，使土壤受到不同程度的污染，产生一定的毒性。生长在受污染土壤的作物，除了造成生长障碍外，其产品还会对人类带来危害。消除土壤污染是环境治理的重要内容。微生物肥料的肥效持续时间长，可以减少化肥的施用量，并且它本身无毒无害。微生物肥料具有降解和转化土壤中有毒物质的能力。这种生物修复是土壤修复的各种措施中经济有效的措施。
有机肥料含有植物所需要的许多营养成分、微量元素、糖类和脂肪。有机肥分化开释的CO2可作为物光合效果的材料。有机肥还含有氮、磷、钾5%三要素，有机质45%，可为农作物供给的营养。不得不提的是有机肥在土壤中分化，能够转化形成各种的腐殖酸是一种高分子物质，具有很好的络合吸附功能，对重金属离子有很好的络合吸附效果，能有效地减少重金属离子对作物的毒害，并阻挠其进入植株中，并且维护植腐殖酸物质物的根茎。
粪肥中含有丰富的有机质和作物所需要的各种营养元素，对增加作物产量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以来都被广泛应用于农业生产中。古时候就流传着“粪多则肥多，肥多则田沃，田沃则谷多”的说法。近年来，随着粪肥不合理的施用现象增多，各种问题也随之而来。
