化肥的大量使用，还造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。 化肥的长期低效施用，往往造成土壤中某些元素的过分积累和土壤理化性质的变化及环境的污染。 从中国大量使用化肥看，越使用化肥，地力就越下降，就越依赖化肥，由此形成恶性循环。
生物菌肥料的优点： 改良土壤 (1)通过有益菌的大量繁殖，大量有益菌在植物的根系周围形成了优势种群，抑制了其他有害菌的生命活动。 (2)快速分解土壤有机物质，促进土壤团粒的形成，且通过有益菌的活动能够疏松土壤，土壤的保肥、供肥、保水、供水及透气性都得到很好的调节。 (3)分解土壤中的农药残留，避免残留农药对下季作物产生药害。还对植物生长过程通过根系排放的有害物质进行分解。
厩肥、堆肥、沤肥等，堆沤肥是以秸秆、杂草、树叶、泥炭、垃圾以及农村废弃物为主要材料，加入适量的人畜粪尿而沤制成的有机肥，堆沤肥中的有机质在厌氧前提下分解，养分不易挥发，且形成的养分多被土壤吸附，不易流失，肥效长而稳，沼气肥，在密封的沼气池中，有机物腐解产生沼气后的副产物，包括沼气液和残渣，是以畜禽粪便、动植物残体、糊口垃圾等富含有机质的固体废弃物为主要原料，并添加一定量的其他辅料和发酵菌剂，通过工厂化方式加工出产而成的肥料。
