化肥大量使用使蔬菜瓜果品质大大下降。由于作物不仅仅需要氮磷钾，同时还需要钙铁锌硒等许多微量元素，而化肥一般成分比较单一，所以长期使用化肥必然导致土壤中所含养分趋于单一，易使作物营养失调，从而导致作物内部转化合成受阻，必然导致作物品质下降，瓜不甜，菜不香。 危害人体健康。大量施用化肥，易使蔬菜中硝酸盐含量超标，而亚硝酸盐与胺类物质结合形成N-亚硝酸基化合物为强致癌物质。
厩肥、堆肥、沤肥等，堆沤肥是以秸秆、杂草、树叶、泥炭、垃圾以及农村废弃物为主要材料，加入适量的人畜粪尿而沤制成的有机肥，堆沤肥中的有机质在厌氧前提下分解，养分不易挥发，且形成的养分多被土壤吸附，不易流失，肥效长而稳，沼气肥，在密封的沼气池中，有机物腐解产生沼气后的副产物，包括沼气液和残渣，是以畜禽粪便、动植物残体、糊口垃圾等富含有机质的固体废弃物为主要原料，并添加一定量的其他辅料和发酵菌剂，通过工厂化方式加工出产而成的肥料。
有机肥还可以改良泥土，增加其保水保肥的能力，有机肥不光是我们在市场上购买的写着有机肥字样的产品，有机肥分为两大类，一类为粗有机肥，一类为商品有机肥，有机肥就是没有深加工的有机肥，它包括禽粪、畜粪、饼类、植物体等，再往下细分，禽粪包括鸟粪，鸡粪等，畜粪包括猪粪，牛粪，羊粪等，饼类包括豆饼，油料，花生饼等，植物体又包括麦秆，稻壳等在农村常见的东西，这些就是粗有机肥，只不外有些简朴，使用需要进行再加工，例如鸟粪和禽粪需要高温腐熟才能用。
